Primeiramente instale o pdftk (caso não esteja instalado).

sudo apt-get install pdftk

Para fazer o “merge” de documentos PDF utilize o comando como no exemplo abaixo:

pdftk arquivo1.pdf arquivo2.pdf output arquivo_final.pdf

Para separar (extrair) páginas utilize a sintaxe:

pdftk A=arquivo.pdf cat A1 output pagina1.pdf

Onde A1 irá pegar a primeira página do documento arquivo.pdf.
Se quiser por exemplo a 5ª página utilize A5. Se quiser um intervalo, por exemplo da 3º a 5ª página, informe A3-5
Você pode utilizar mais de um arquivo por vez e concatena-lo em um único arquivo final. Por exemplo

pdftk A=documento1.pdf B=documento2.pdf cat A1-7 B2 output documento_final.pdf

O pdftk também serve para rotacionar páginas, encriptar e decriptar o documento, incluir marcas d’água entre outros.
Digite pdftk –help para ver todas as opções disponíveis.

Veja outras opções do pdftk em:

http://www.emezeta.com/articulos/10-operaciones-utiles-con-archivos-pdf
http://www.esdebian.org/wiki/editar-archivos-pdf-pdftk