Segue abaixo um exemplo de como, em tempo de execução, adicionar uma folha de estilo (css) a uma página aspx

C#

//Capturando o “Header” da pagina
HtmlHead header = (HtmlHead)Page.Header;
//Setendo o CSS Link
HtmlLink link = new HtmlLink();
link.Attributes.Add("href", Page.ResolveClientUrl("~/estilo.css"));
link.Attributes.Add("type", "text/css");
link.Attributes.Add("rel", "stylesheet");
//Adicionando CSS Link no Hearder da página
header.Controls.Add(link);